A la moitié du XXIème siècle, un conflit mondial déchira la planète,, obligeant les deux camps à construire une citée sous-marine chacun afin de protéger une partie de la population des retombées radioactives du conflit nucléaire.
De ses deux citées, Atlantis et Pacifia, naquit de nouveaux conflits au cours des XXII et XXIIIèmes sicèles mais, finalement, Atlantis s'en sortit vainqueur et put imposer la paix grâce à ses armes dotées d'ogives à antimatière, ses robots de combat et sa propulsion warp. Cependant au XXVIème siècle, Pacifia parvint à maîtriser ces technologies et cela créa un conflit, laissant la Terre inhabitable de façon définitive. Atlantis se retira alors sur ses colonies, Pacifia gardant le système solaire.
Durant 500 ans ce fut la paix mais les ingénieurs de Cyberdyne Systems avaient été trop loin dans la création de cyborgs: leur dernier modèle: le Terminator Organic Killer, destiné au combat comme à la recherche scientifique car physoquement supérieur et au moins aussi intelligent que les ingénieurs, informaticiens et généticiens les ayant crées, se révoltèrent afin d'être traités comme êtres vivants: Après tout, leurs créateurs ne les avaient-ils pas dotés de sentiments, et de la capacité de se reproduire?
Cette guerre fut gagnée par les cylons, qui, cependant, étaient divisés. La Majorité décida qu'il fallait fonder une République loin de l'humanité, en emportant l'armement humain, car jugé trop évolué, et que pour se protéger, il fallait fonder cette République dans le passé: Ces cylons allèrent donc fonder la Cylon Republic au sein de la Galaxie d'Andromède, à près de 250 ans de voyage de la Terre (à Warp 9.99), tout en remontant le temps jusqu'en 1492. Parmi les Cylons restant, certains souhaitaient protéger et guider Atlantis, y compris contre elle-même, tandis que l'autre souhaitait la destruction de l'humanité.
Durant 1000 ans, ces Cylons, réunis sous une bannière: Skynet, complotèrent dans la discrétion puis, finalement, envoyèrent un T-1000 et une Cylonne en 1984 à l'aide d'un téléporteur spatio temporel, afin de prendre la tête de Cyberdyne Systems pour y créer le programme Skynet.
Les Cylons protégeant Atlantis envoyèrent alors trois des leurs de la même façon; Marion Weatherly, Shannyn London et Cameron Phillips; afin de neutraliser Skynet. Elles parvinrent à tuer la cylonne mais le T-1000 put lancer l'assaut contre l'humanité au début du XXIème siècle. Les trois cylonnes prirent alors la tête de la Résistance humaine et réussirent à neutraliser le programme Skynet avant l'arrivée de renforts Cylons. Cependant, il y avait tellement d'humains avec un processeur les reliant Skynet implanté dans le cerveau, qu'on ne pouvait débrancher Skynet. Les Cylons déportèrent alors ces humains, baptisés Infiltrator et capable de combattre jusqu'a la destruction du processeur, sur Fiorina 16, planète située à 3 ans et demie de la Terre à Warp 5.
Marion, Shannyn et Cameron restèrent alors sur Terre afin de guider l'humanité, qui fonda l'United Earth, gouvernement fédéral mondial, puis s'attaqua à la colonisation des étoiles. Un téléporteur spatio temporel fut crée sur Terre afin de pouvoir communiquer avec la République Cylonne sans devoir attendre la réponse à un message durant 20 ans, puis entre 2100 et 2300 fut crée un conduit hyperspatial reliant les deux galaxies et situé dans le système solaire. Cependant au XIVème siècle, une guerre de sécession secoua la République Cylonne, obligeant les trois héroïnes à quitter la Terre. Cependant elles promirent que deux vaisseaux rejoindraient la Terre. Deux petites frégates de classe Hammerhead. Les deux vaisseaux rejoignirent effectivement la voie lactée mais un sabotage du conduit hyperspatial, entrainant sa destruction, éparpilla les deux vaisseaux dans la Voie Lactée. L'Hammerhead New Hope s'écrasa alors sur Terre, détruisant le téléporteur spatio-temporel, et ne laissant que quelques cylons survivants, dont Nathan Weatherly, le fils de Marion Weatherly, et l'Hammerhead Atlantis disparut corps et bien, et personne ne sait ou il se trouve.
Cependant, en 2408, plusieurs navires humains ont disparus à proximitée de Firoina 16: Skynet existe toujours et semble préparer sa revanche. Un assaut se prépare, et l'humanité ne peut compter sur l'épave du New Hope. De même, les communications avec les Cylons sont coupées car le conduit hyperspatial et les téléporteurs spatio-temporels n'existent plus. Et tout renfort cylon mettrait plusieurs siècles à arriver. Afin de se défendre contre Skynet et ses hordes, l'humanité à une seule solution: retrouver l'Hammerhead Atlantis.